デフォルトのヘルプに書いてないのですが
例えばデータソース名testのDBの場合は以下のようにします。
./app/Console/cake schema generate -c test filename
-cでデータソース名を指定
filenameの部分は入出力するファイル名となります。指定しないとschema.phpとして処理してしまうので
デフォルトの設定が上書きされたりしてしまいます。また、hogehoge_schemaというように”schema”を付けると出力はされるのですが入力がエラーになりました。