とりあえずこんな感じ
git fetch origin git reset --hard origin/master
gitは例外ファイルをちゃんと管理しないと衝突がわらわら出る。
強制的にサーバーのファイルに合わせたい場合はこのようにおこなえばOK。
ちなみにgit cleanみたいに管理外のファイルを削除コマンドもあるので、例えば画像ファイルのアップロードとか、gitの管理内のフォルダ内にアップロードフォルダを置いておくと危険ですが、これなら大丈夫っぽい?
本番環境などで、pushする必要がない場合はこれでいいんじゃないかと思います。