Modelの設計を行っているときに、途中でカラムを追加するというようなことはよく発生すると思います。
ですが、たまに追加したカラムがなぜか保存されないという問題が発生します。
この問題は、だいたいはEntityの$_accessibleプロパティーにカラム名を追加し忘れていることが原因です。
ですが、追加してもなぜかダメなこともあります。
この場合、bakeコマンドでModelファイルを生成しなおしたら$_accessibleのところに新しく追加したカラムが追加されないこともあるようです。
解決方法
根本的な原因はわかりませんが、どうもキャッシュが原因のようです。
以下のコマンドで解決するはずです。
$./bin/cake schema_cache clear
$./bin/cake cache clear_all
また、本番環境で、システムをアップデートした直後によくこういうことが発生するので、更新手順の最後に必ずキャッシュをクリアする操作を加えたほうが良いでしょう。